| 部门 | 负责人 | 职务 |
| 院办公室 | 陆延青 | 南京大学副校长兼国际创新创业学院院长 |
| 高新房 | 执行院长 | |
| 古公亮 | 常务副院长 | |
| 汤扬 | 副院长 | |
| 钱艳 | 副院长 | |
| 许云云 | 办公室主任 | |
| 宋万耀 | 院务秘书 | |
| 许云睿 | 办公室副主任、财务 | |
| 徐顺利 | 众创空间主任 | |
| 黄纯国 | 众创空间管理员 | |
| 学生事务办公室 | 吴蓉 | 主任 |
| 教务办公室 | 吕浩雪 | 院教学督导 |
| 秦勉 | 主任 | |
| 王凯 | 教务助理 | |
| 培训部 | 陈大胜 | 一部部长 |
| 卢苏海 | 二部部长 | |
| 毛新裕 | 项目助理 | |
| 项目发展办公室 | 吕军生 | 项目主管 |
| 杨铮 | 项目助理 | |
| 菁英人才培育中心 | 郑钢 | 主任 |
| 赵梓溪 | 项目助理 | |
